Facturation électronique pour auto-entrepreneur : quelles solutions choisir ?

La réforme de la facturation électronique arrive progressivement en 2026-2027 pour de nombreuses entreprises françaises, y compris pour les auto-entrepreneurs. Face à cette obligation, vous devez choisir une solution adaptée à votre situation. Première question à se poser : avez-vous besoin d'un compte bancaire professionnel ou non ?

Avez-vous besoin d'un compte bancaire professionnel ?

Avant de choisir votre solution de facturation, il est important de faire le point sur vos obligations bancaires.

L'obligation du compte dédié

Les micro-entrepreneurs doivent ouvrir un compte bancaire dédié si leur chiffre d'affaires annuel dépasse 10 000 € durant deux années consécutives. Ce compte dédié n'est pas nécessairement un compte professionnel, il peut s'agir simplement d'un compte distinct du compte personnel.

Le cas particulier du mandat SEPA B2B

Si vous devez facturer la TVA, vous aurez besoin de transmettre à votre établissement bancaire un mandat SEPA de prélèvement interentreprises (mandat B2B) signé. La plupart des banques refusent d'enregistrer ce type de mandat sur un compte personnel, même s'il est dédié à votre activité professionnelle. Dans ce cas, vous devrez disposer d'un compte bancaire professionnel.

Solution 1 : les offres avec compte bancaire professionnel intégré

Si vous avez besoin d'un compte professionnel ou si vous souhaitez centraliser votre gestion, plusieurs acteurs proposent des offres combinant compte pro et logiciel de facturation compatible avec la facturation électronique.

Qonto - À partir de 11 € par mois HT

Qonto est une néobanque française créée en 2017, spécialisée dans les solutions bancaires pour les professionnels et les entreprises. La plateforme propose des outils de gestion financière en ligne, avec une interface intuitive accessible depuis un ordinateur ou une application mobile.

Qonto propose une offre complète avec un compte professionnel à partir de 11 € par mois HT. Vous trouverez parfois des tarifs promotionnels à partir de 5 euros par mois. Le logiciel de facturation est également disponible en version gratuite, mais sans le compte professionnel dans ce cas.

Shine - Gratuit ou à partir de 11 € par mois HT

Shine est une solution bancaire en ligne lancée en 2018, conçue spécifiquement pour les indépendants et les micro-entrepreneurs. La plateforme combine compte professionnel et outils de gestion administrative dans une interface simplifiée.

Shine est un établissement de paiement sans agence physique. Vous avez la possibilité de déposer des espèces chez un buraliste certifié. Une offre gratuite est proposée, mais elle est limitée à 3 factures par mois.

Indy - Gratuit ou à partir de 16 € par mois HT

Indy est une solution française créée en 2016 qui regroupe comptabilité, facturation et compte professionnel. La plateforme automatise une grande partie des tâches comptables et s'adresse particulièrement aux entrepreneurs qui souhaitent gérer leur comptabilité sans faire appel à un expert-comptable.

Indy propose une solution complète à 16 € par mois HT, particulièrement adaptée aux entrepreneurs sans expertise comptable. La version gratuite est généreuse puisqu'elle inclut le compte professionnel, une Mastercard, des virements illimités et la comptabilité automatisée. Cette option peut être intéressante si vous débutez et souhaitez tester le service.

Solution 2 : les logiciels de facturation sans compte bancaire intégré

Si vous disposez déjà d'un compte professionnel ou si vous n'en avez pas besoin, vous pouvez opter pour un logiciel de facturation sans compte pro. Les trois solutions suivantes sont gratuites et permettent un nombre illimité de factures.

Qonto Facturation - Gratuit

En plus de son offre bancaire, Qonto propose un logiciel de facturation autonome qui peut être utilisé indépendamment du compte professionnel.

Vous pouvez gérer vos devis et vos factures gratuitement et en illimité avec Qonto Facturation, sans avoir besoin de souscrire à un compte professionnel. Cette solution est pratique si vous avez déjà votre compte bancaire ailleurs.

Indy - Gratuit

Au-delà de son offre complète avec compte bancaire, Indy met à disposition sa solution de facturation de manière indépendante pour ceux qui n'ont besoin que de cette fonctionnalité.

Indy propose de créer vos devis et factures gratuitement.

Tiime - Gratuit

Tiime est une solution française de gestion administrative et comptable créée en 2016, qui propose des outils de facturation, de gestion des notes de frais et de suivi comptable. La plateforme est compatible avec la réforme de la facturation électronique.

Tiime offre une solution gratuite qui inclut la facturation en illimité, la réalisation de devis en illimité, le suivi du statut de vos documents, la personnalisation de vos factures et devis, et c'est une plateforme agréée.

Comment choisir la solution adaptée à votre situation ?

Votre choix dépendra de plusieurs critères. Si vous devez facturer la TVA et avez besoin d'un mandat SEPA B2B, orientez-vous vers une solution avec compte professionnel intégré. Si vous avez déjà un compte bancaire professionnel ou si vous n'en avez pas besoin, les solutions gratuites de facturation seront suffisantes.

Quelle que soit votre décision, assurez-vous que la solution choisie est compatible avec les plateformes agréées pour la facturation électronique. Cette compatibilité est indispensable pour respecter les obligations légales qui s'appliqueront progressivement aux auto-entrepreneurs dans les prochaines années.

Pour voir l'ensemble des offres de factures électroniques, consultez le comparatif des prix sur FactureInfo.